肾盂肿瘤具体发病原因不祥，可能和多种有害因素有关。有些人可能和长期接触有毒物质有关，有些患者的工作和石油化工材料长期接触，这些材料中含有大量的苯胺等有害物质，这些物质属于较强的致癌物。

有些人有不良的生活习惯，长期大量吸烟会使肾与肿瘤的发生率明显升高；有些人爱喝咖啡，也会刺激肾盂肿瘤的发生。

有些患者有肾结石，肾结石可以对肾盂造成慢性的刺激，导致患者发生肾盂肿瘤；有些化疗药物也会对肾脏造成影响，导致肾盂部位的黏膜发生癌变。