原发性小儿癫痫的病因，目前比较能确定的因素可能与遗传因素有较密切的关系。还可能与下列因素有关：

1.宫内发育迟滞，小孩发生癫痫和宫内发育迟滞有着一定关系，所谓宫内发育迟滞就是指胎儿在胚胎期自身质量欠佳，或胚胎发育期间受到各种因素的影响而引起的问题，这种情况很容易导致孩子生后出现癫痫的问题。

2.先天脑发育缺陷，患儿在出生时未发现异常，生后出现癫痫发作后检查常可发现孩子有颅内的异常改变，可能与胚胎期感染、代謝异常等有关。

3.不明原因因素，目前还未找到的隐原因素。