电子肠镜能检查出结直肠内的病变，能检查出大肠内肿瘤和息肉，可以作为大肠肿瘤的普查和筛选，能查出下消化道出血的原因和不明原因的低位肠梗阻。

某些炎症性肠病需做鉴别和确定累及的范围和程度，大肠的某些良性病变，可以查出原因不明的慢性腹泻、便秘、腹痛、腹胀。

大肠癌手术后，大肠息肉摘除后随诊。钡剂灌肠发现有异常，需要做肠镜，确诊者不能排除大肠或末端回肠的肿物。