甲减和甲亢是两种完全相反的疾病，根本区别是前者甲状腺激素水平过低，而后者则过高，由此引发完全不同的临床表现。前者表现为全身低代谢综合症，严重时甚至可以出现昏迷等中枢神经系统的表现，而后者则是出现高代谢综合症，部分患者可伴有房颤等严重表现。

二者的治疗也恰恰相反，甲减由于体内激素缺乏，通常选择补充甲状腺激素进行替代治疗，用来补充缺乏的甲状腺素，有些还需终身服用，而甲亢则需要对抗体内过高水平的甲状腺素。

一般可选甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶进行抗甲亢治疗，二者可抑制甲状腺激素的合成。