男人肚子两边疼痛，原因有以下几种情况：

1.腰椎疾病。比如腰椎间盘突出、腰肌劳损，在病情发作时容易导致腰骶部神经受刺激。在体位改变时，有可能会导致肚子两侧出现疼痛。

2.输尿管结石。如果左右两侧的输尿管均有结石，就会导致肚子两侧均有疼痛症状。并且会伴随血尿、尿频、尿急、尿痛等症状。

3.肠道异常。比如慢性结肠炎，常表现为腹部疼痛、腹泻，时轻时重，疼痛的位置有时比较固定，有时不容易固定。也或者是肠梗阻所引起的肚子两侧疼痛，与梗阻发生的部位有一定关系。一般在休息之后，疼痛现象多数能够消失。