慢性腹泻引起的并发症比较多。

患者长期出现腹泻，有可能会影响营养物质的吸收以及消化，影响微量元素以及矿物质的利用，有可能会导致患者出现营养不良、体重下降、消瘦，也可能会出现维生素的缺乏症。

维生素缺乏以及矿物质缺乏持续时间较长时，有可能会引起机体的免疫力下降，导致患者反复出现感染性疾病，包括呼吸道疾病、泌尿系统感染，也可能会引起脓毒血症、败血症。部分患者还可能会并发真菌感染，也可能会引起感染性休克、急性肾功能衰竭、低钾血症等并发症。