阴茎根部发生疼痛，考虑是生殖系统感染性疾病、尿道结石、泌尿系统肿瘤引起的。

阴茎根部发生疼痛由多方面的因素导致，比较常见的是生殖系统感染性疾病，通常见于前列腺炎、膀胱炎、精囊炎等，由于炎症的反复刺激，从而导致局部发生充血、水肿、疼痛，牵连到阴茎根部也会引起牵扯痛，同时伴有尿频、尿急等症状。

尿道结石，泌尿系统肿瘤包括尿道肿瘤、前列腺癌、精囊肿瘤等，会侵犯阴茎局部的神经，从而引起阴茎根部疼痛。