咳嗽时头疼的原因主要有以下几点：

1.由于剧烈咳嗽导致腹腔压力增加，头部供血出现急剧的变化，因此会出现头痛的症状。

2.感冒是引发咳嗽的常见原因，由于感冒本身就会出现头痛的症状，而咳嗽会使头痛的症状加重。患者应当根据引发咳嗽的原因积极治疗，一般咳嗽减轻后，头疼的症状也会得到缓解。

3.如果头疼的症状非常严重，也有可能是由于头部本身疾病引发的。患者需要进一步完善头部CT、核磁共振等检查，明确是否存在颅内器质性病变。