原发性痛经的发生主要与月经时子宫内膜前列腺素的含量增高有关，研究表明痛经患者子宫内膜和月经血中前列腺素2α和前列腺素，含量均较正常的女性明显增高，在月经周期中2α前列腺素含量增高可以引起子宫平滑肌过强收缩，血管痉挛造成子宫缺血，乏氧状态而出现痛经，增多的前列腺素进入血液循环，还可引起心血管和消化道等症状，血管加压素，内源性缩宫素，β内啡肽等物质的增加研发性痛经有关。原发性痛经还受精神神经因素的影响，疼痛的主观感受与个体的感觉有关。