巧囊手术一般住院5~7天，巧囊手术一般是进行腹腔镜下的巧克力囊肿剥除，是一种微创手术，手术创伤相对比较小，恢复也比较快，一般术后三天左右就可以出院。

因为手术前要完成一些相关检查，要排除手术禁忌证，才能够进行手术，所以在术前也要1~2天的时间进行一些检查，进行一些手术前的准备。

巧克力囊肿会影响卵巢的分泌功能，会抑制排卵、影响月经，会导致不孕，还会引起腹痛的症状，所以一般是建议行巧克力囊肿的剥除。巧克力囊肿容易造成盆腔的粘连，所以手术过程中，也有些容易造成周围脏器的损伤，所以住院天数也因人而异，要根据术后的恢复情况。巧囊手术一般选择在月经干净3~7天之内进行，术后有些需要进行药物的干预，预防巧克力囊肿的复发。