大部分的肝囊肿没有任何症状，但是如果囊肿增大，会有一些压迫症状，或者因为囊肿破裂而引起一些症状。

压迫症状主要和压迫的器官、组织有关，如压迫到胃部会引起胃部容量减少，导致食欲下降、胃脘部胀痛不适。如压迫到胆管，则会使胆汁梗阻，出现黄疸、皮肤巩膜黄染、尿色加深等症状。如压迫到肝脏使肝包膜张力增大，会出现肝区的胀痛不适。

囊肿也可以压迫到上腔静脉，引起静脉回流障碍，导致身体水肿。如果肝囊肿破裂，则会引起囊肿周围的血管或胆管破裂，会引发出血和胆瘘，会引起上腹部疼痛，甚至引起休克的症状。胆瘘会被引起胆汁性腹膜炎，造成腹部紧张、压痛和反跳痛明显。