脑积水分流手术失败的原因为引流故障、脑室系统不通畅、颅缝闭合。引流故障大多为近端引流阻塞所引起，也有少部分是由于远端引流管阻塞所导致。如果在引流过程当中，沿线物质堵塞，引流管或脑室部分塌陷，均可导致脑积水手术分流失败。

如果婴幼儿出现严重脑积水，在引流后脑室内的压力可能会下降，颅缝闭合，颅骨也会停止发育，形成头颅畸形，导致手术失败。

在脑积水分流手术失败后，应及时的采取其他措施进行补救，防止患者出现生命危险。感染也是脑积水分流手术失败的原因之一。