早上晨勃消失的原因之一，是精神压力、身体过度疲乏、劳累等影响，血液性激素水平以及神经调节代谢，导致阴茎海绵体充血量减少。暂时性的晨勃消失，可通过适度休息、缓解压力，晨勃现象可逐渐恢复。

另一原因是患有泌尿生殖道，以及附属性腺体感染性疾病。由于炎性刺激影响晨勃，患有前列腺炎，盆底神经受到炎性刺激可导致晨勃消失，还可伴随尿不尽、射精过快。

个体患有糖尿病、甲状腺疾病等，影响内分泌调节代谢，阴茎海绵体充血量减少，也可导致晨勃现象消失。