半夜肩膀疼醒最有可能的原因是肩周炎的发作，肩周炎的具体原因不是很明确：

1.临床上主要表现为肩关节周围的疼痛，患者肩关节主动和被动活动受限，严重的会表现为夜晚疼痛，影响患者的睡眠，也可以服用抗炎药物止痛治疗。

2.可能是夜晚睡眠受凉导致的肌筋膜的炎症引起的，夜晚睡眠时，被子没有盖好，或者夏天时空调直吹会导致肩膀部位筋膜的无菌性炎症，可以口服消炎止痛的药物治疗。

3.神经根型颈椎病也会引起肩膀疼痛，需要到医院进行相关检查来确诊，可以通过X线或者CT扫描以及磁共振进行诊断。