代谢综合征的中心环节是胰岛素抵抗，胰岛素抵抗诱发了原发性和继发性的某些疾病，病因确切的情况下也可以发生胰岛素抵抗，也会表现出代谢综合征，这个情况下就是继发性的代谢扩张，因此诊断代谢综合征只是第一步，其后寻找有无引起继发性的代谢综合征的病因。这对代谢综合征的鉴别、诊断是非常重要的，否则就容易造成误诊和漏诊。

常见的病因，如库欣综合征。某些药物可以去代谢综合征的相应的临床表现以及症状。库欣综合征鉴于某些药物的影响，鉴于皮质类固醇抗抑郁的药物、抗精神病物以及抗组胺药物，可以对药物引起肥胖及代谢综合征做出判定。库欣综合征可以从它表现皮质醇增多，多血质，向心性肥胖以及四肢的肥薄，可以特别注意排除一下。