三个月婴儿听力筛查有问题，可以到正规的医院再进行多次的听力筛查，因为一次筛查后的结果可能存在误差。

如果多次筛查之后仍未通过，则可能是听力方面存在问题。建议在医生的指导下，及早做听觉脑干诱发电位检查，从而明确是否出现了听力问题。

并且经过上述检查后建议要完善磁共振、CT等多项影像学检查，明确是否存在中耳、内耳的畸形等器质性问题。找到具体的原因后，进行积极的干预，加强平时的护理，避免影响小儿以后的工作与生活。