小儿脑膜炎会留有后遗症的，这是由于一部分的孩子治疗过程的不顺利，所造成的后遗症。最常见的有硬脑膜下积液，大约30到60%的化脓性脑膜炎，可以并发硬脑膜下的积液。

所以尤其是在一些小的婴儿经过治疗以后，体温持续不下降，就可能有这个后遗症发生的可能，而且有一些脑室管膜炎是由于治疗被延误，所导致的一些不良症状，反复的会出现惊厥、发热不退的情况。

还有炎症影响脑垂体导致的一些抗利尿激素分泌过量，有脑积水还有一些各种神经功能的障碍，尤其是一些听力的障碍发生神经性的耳聋，有个别的孩子会出现智力低下、脑性瘫痪、癫痫，还有视力的障碍。