人体对甲肝疫苗的耐受良好，大多数人接种后没有任何的甲肝疫苗不良反应。少数人可在接种部位发生轻度的红肿或者是轻微的疼痛，上述甲肝疫苗不良反应一般在24到72小时之内消退，属于正常的甲肝疫苗的不良反应。极少数人可出现乏力、发热、厌食、腹泻、恶心、呕吐、过敏性皮疹等症状。这种甲肝疫苗的不良反应通常也是短暂的大多数在24小时以内自行的缓解。一般来说发生轻度的不良反应不必进行特殊处理均可治愈，局部反映较重时可在72小时以后，局部的热敷，每日数次，每次10到15分钟之间。