肛门瘙痒时，需要根据导致肛门瘙痒的原因，而选择用药。如果是股癣，则选用抗真菌的药膏；如果是肛门湿疹，应选用抗过敏或止痒剂治疗；真菌导致的肛门瘙痒，可以选用抗真菌的药膏。

最常见的引起肛门瘙痒的疾病，是肛周湿疹。如果是急性的肛周湿疹，可伴有皮肤的破溃，此时应选用抗生素类的药膏，不建议选用抗过敏的药膏。因为抗过敏的药膏里多含有激素类药物，会延迟伤口愈合，甚至继发细菌感染，加重肛门瘙痒。

慢性的肛周湿疹，可以使用抗过敏及止痒药物联合使用。