肛门脓肿的形成主要是肛管内肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，肛窦开口向上粪便容易进入肛窦内，引起肛窦和肛腺感染，感染向肛管直肠周围间隙蔓延扩散，逐渐形成肛周脓肿。

直肠内异物、干硬粪便通过直肠、肛管时造成损伤，或者外伤导致感染，感染向深部组织扩散，划伤的肛管直肠黏膜继发感染，也会引起肛周脓肿。

医生在肛门镜检查时，也会引起肛管直肠黏膜损伤，会阴肛周手术感染、肛周毛囊炎也会引起肛周脓肿。