脑囊虫病由于囊虫侵入颅内的数目、部位不同，以及囊虫的发育过程和死亡不一，因此临床症状复杂多变，病情波动，脑囊虫潜伏期约三个月，临床表现应视囊尾蚴数量、寄生部位及人体反应性而异。

感染轻者可无症状，而癫痫发作，颅内压增高，精神症状是脑囊尾蚴病的三大主要症状，神经疾患和脑血流障碍症状，如记忆力减退，视力下降及精神症状。

其它可有头痛、头晕、呕吐、神志不清、失语、肢麻、局部抽搐、听力障碍、精神障碍、痴呆、偏瘫和失明等，也常并发基底部动脉炎引起缺血性脑血管病。