所有不能排便的肛门闭锁均应禁食禁水，可予静脉补液处理。高位肛门闭锁需在生后1-2天内手术，术前应禁食，行结肠造瘘术后待肠道功能恢复、腹胀缓解后再开始饮奶，逐渐增加到正常奶量。低位肛门闭锁存在会阴瘘或舟状窝瘘，瘘口较大、排便通畅，且患儿无腹胀，暂时不考虑进行手术者可予母乳或配方奶进行喂养；若虽有瘘口，但瘘口细小、排便不畅，则应考虑在新生儿期进行手术，也应禁食禁水，待手术以后，患儿肠道功能恢复后逐渐开始喂养。