引起男性尿道刺痛的原因很多，通常分为尿道感染、尿道结石、尿道囊肿或者尿道外伤。

首先，致病菌侵犯尿道黏膜，引起尿道黏膜出血、水肿导致尿道炎，是引起尿道刺痛的常见原因之一。另外，尿道结石或者尿道囊肿，会使尿道腔狭窄，容易压迫尿道神经和平滑肌，就会引起尿道刺痛，通常会伴随着明显的异物感和尿道肿胀感。

其次，尿道外伤会引起尿道黏膜溃疡破损，同样容易导致人出现明显的尿道刺痛症状，会伴随着尿血的症状发生。