两个月宝宝肛瘘一般不可以自愈。

两个月宝宝的肛瘘和成人形成原因差不多，大多是由于肛周脓肿自行破溃，或者经手术切开引流产生的后遗症。所以两个月宝宝的肛瘘也存在内口、外口以及瘘管，也会表现为肛周反复红肿以及流脓的症状，所以绝大多数需要通过手术治疗才能治愈。

但两个月宝宝的肛瘘大多是低位肛瘘，而且瘘管比较直、浅表，手术相对简单，创伤比较小，术后的复发率比较低。为了尽量减少肛门周围组织的损伤，一般采取肛瘘切开手术。