对于轻度的真菌性脑膜炎，主要是以药物治疗为主，比如两性霉素B，如果这种药物治疗效果不佳或者是患者不能够耐受，可以改用两性霉素B脂质体治疗，可配合其它一些抗真菌的药物予以治疗，比如氟康唑、伊曲康唑等。

由于真菌会对脑部的细胞因子造成破坏，通过使用脑多肽等神经保护剂，减轻真菌对脑细胞的损伤。如果存在颅压增高的情况，还可通过使用甘露醇、呋塞米等药物进行降颅压处理。

如果是比较严重的真菌性脑膜炎，比如出现了肉芽肿或者是存在较大的脑脓肿，应考虑手术治疗。