肺部出现3mm微小结节是否会自动消失，应该根据具体的情况判断。

临床上导致肺部出现结节的原因很多，如果是因为炎症而引起的小结节，经过积极的抗炎治疗后多可消失。而错构瘤、陈旧性的病变，还有肺动静脉畸形导致的微小结节，一般不会消失，也不容易发生恶变，无需特殊处理，定期进行影像学检查即可。

有些微小结节有可能是肺部恶性肿瘤早期的表现，不积极治疗还会逐渐地变大。通过肺组织活检等检查明确诊断后，需要尽快地通过手术以及放化疗等方法治疗。