月经干净后有褐色分泌物由于阴道有少量出血导致，主要原因有：

1.可能是由于月经没有完全干净，还有少量经血排出，剥脱的时间比较长，血液被氧化导致。

2.如果是月经中期出现少量褐色分泌物，可能是排卵期出血导致。一般不会有不适的症状，持续1周内就可以自然干净。

3.有些女性怀孕后，受精卵着床的时候也可能出现少量出血，有些女性还可能在这个时间段出现轻微的腹部不适，进而出现停经，经检查可以确诊怀孕。

4.有些女性由于存在子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫腺肌病或宫腔内有节育环等原因影响子宫收缩出现异常子宫出血。