部分眼球运动障碍是需要进行手术治疗的。

大多数眼球运动障碍的发病，与眼肌协调障碍、眼部神经受损密切相关。如果给予消除病因和有效的营养性药物支持治疗后，患者眼球运动障碍仍然无法缓解，则可以考虑通过手术治疗来改善症状。

手术的方式主要是消减或者增强部分眼部肌肉的力量，使得各眼肌运动达到平衡状态，以此来缓解眼球运动受限、复视、斜视等症状。

除此以外，部分患者是由于颅脑内占位性病变导致的本病，需要通过手术切除占位，以消除病因。