胆囊腺肌增生症的常见并发症有胆囊炎、腹腔感染、胆囊结石。

胆囊腺肌增生症通常为胆囊良性病变，其主要病理变化是慢性胆囊壁的增生肥厚性改变，通常没有明显的临床症状，大部分人在胆囊切除手术后，病理学检查时发现。

随着病情进展，有可能会出现胆囊功能异常，引起胆囊在浓缩、储存、排出胆汁功能下降，从而出现慢性胆囊炎而出现腹痛、腹胀等消化道症状，有时也会向腰背部放射出现疼痛，由于胆汁在胆囊内淤积及胆囊功能的异常，引起胆囊结石的发生风险增加。