射精功能障碍发病原因存在着一定的差异。除了有器质性原因，早泄的最常见的原因是心理性导致的。包括精神、心理因素的影响，阴茎神经易兴奋，阴茎感受器过度敏感，包皮炎、前列腺炎等器质性疾病的影响等。

逆行射精的病因包括膀胱颈肌肉功能异常、膀胱神经支配失调、膀胱炎、前列腺电切术后并发症等。

延迟射精和不射精的病因包括脊髓损伤、糖尿病周围神经病变、手术所致下腹腔神经损伤、先天性的输精管缺损、输精管闭锁、尿道下裂、膀胱外翻等。