男性肛瘘主要是由于肛周脓肿所引起的，主要是因为肛周脓肿破溃，或者单纯行肛周脓肿切开引流术所产生的后遗症。

男性由于雄性激素水平比较高，所以齿状线处的肛腺分泌旺盛，肛腺开口位于肛窦内，而肛窦容易积聚粪便以及细菌堵塞肛腺开口，从而引发肛周脓肿，从而导致形成肛瘘。而且平时男性饮酒或者进食辛辣刺激性的食物，也容易引发肛周脓肿而致肛瘘。

另外，还有一些肠道的疾病也会诱发肛瘘的形成，例如肠道结核感染、肠道炎症性疾病，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病等，也容易诱发肛瘘。