骨样骨瘤手术后可能会导致关节功能的障碍，骨样骨瘤多发生于胫骨的部位，有些肿瘤可能会累及膝关节，手术的过程中可能会对关节造成破坏，手术后膝关节的功能可能会受到影响。

有些患者的肿瘤可以发生在脊柱的部位，手术过程中可能会对脊髓造成损失，患者可以出现神经受损的症状。

有些患者手术切除骨瘤后会造成骨骼出现大范围的缺损，有可能会影响骨骼的愈合；有些患者可能会伴有营养不良，患者术后可能会发生伤口感染，甚至发生骨髓炎。