肠外结核可以做以下检查确诊。

首先，肠外结核最常见的是肺结核，可以做胸部CT检查，同时还可以做痰涂片。如果查到结核分枝杆菌，能确诊肺结核。

其次，针对于骨结核之类的肠外结核，可以做核磁共振检查，比如腰椎结核可以做腰椎的核磁共振。

此外，如果怀疑结核性脑膜炎，还可以做脑脊液检查。脑脊液中如果查出有结核分枝杆菌，也能明确诊断。

明确肠外结核的诊断后，建议及时抗结核治疗，比如口服异烟肼、利福平、吡嗪酰胺等药物治疗。用药期间注意定期复查肝肾功能，如果出现肝损伤，需要及时加用保肝药物治疗，严重时需要停用相关药物。