氨基糖苷类药物的不良反应，主要表现在耳毒性方面，比如可引起前庭功能障碍，出现耳蜗功能毒性，发生听力障碍，并可因此导致耳聋。

这类药物的不良反应，还表现在肾毒性上，其对肾功能也易造成一定的损害，可使肾小管上皮细胞坏死，导致肾脏功能受损。

氨基糖苷类药物，还有可能引起神经肌肉阻滞，比如出现感觉异常、肌肉麻痹等。这类药物也有可能会引起过敏反应，比如皮疹、发热、剥脱性皮炎、血管神经性水肿，严重者也可发生过敏性休克的风险。