真菌性食管炎有可能会癌变，但是发生癌变的几率较小。

患者发生癌变可能与食管黏膜长期受到真菌的感染有一定的关系。除了上述并发症以外，还可能会导致患者出现食管狭窄、食管梗阻、上消化道出血、食管穿孔以及真菌感染、真菌扩散，有可能会继发细菌感染，导致败血症等并发症，严重影响患者的身体健康。

为了促进疾病的缓解，需要及时地给患者使用抗真菌药物，临床当中比较常用的有制霉菌素片。如果有全身性的真菌感染，可以选择两性霉素B。