过敏性肠炎与普通肠炎首先从发病原因上就会有所不同，过敏性肠炎属于过敏原刺激肠黏膜而产生的炎性改变，而普通的结肠炎是由于饮食影响或者生活节律的不规律，以及患者的情志异常造成的结肠黏膜产生炎症的表现。

在治疗上也不同，过敏性结肠炎要去除过敏原对于肠黏膜的刺激，特别是应该不吃容易过敏的食物，所以给患者进行过敏原的检测，确定过敏的物质，然后要避免过敏原刺激。

普通的结肠炎要考虑采取中西医结合的治疗。