大拇指有黑色竖纹的主要原因如下：

1.营养不良。出现营养不良有可能是缺乏微量元素，就容易导致大拇指上有黑色的竖纹，需要在平时补充各种微量元素。

2.甲真菌病。甲真菌病是由于不注意清洁卫生，导致指甲部位受到真菌感染，所以会引起指甲上出现竖纹、横纹的表现。还有可能会引起指甲肥厚，比较常见的有灰指甲。

3.甲色素痣。指甲上出现色素痣也有可能会形成黑色素条纹，黑色素细胞容易恶化，建议还是及早进行手术和对症治疗。