先天性后鼻孔闭锁主要和遗传因素有关，大多学者认为此先天性畸形是在胚胎6周时，鼻颊膜或者颊咽膜遗留，其间质组织较厚，不能穿透吸收和口腔相通，从而造成这种畸形问题。

先天性后鼻孔闭锁的间隔位置，又分为前缘闭锁和后缘闭锁。位于鼻后孔边缘软腭、硬腭的交界处。对先天性后鼻孔闭锁可行手术切除闭锁间隔，并应根据具体情况，如有必要在手术前还需做预防性的气管切开术。

另外，新生儿有先天性后鼻孔闭锁，若确诊为双侧后鼻孔闭锁，则应紧急处理，需要经口建立呼吸通道，防止窒息。