由于巨细胞病毒的感染方式不一样，所以临床表现也不大一样，儿童和成人均可出现。

如果是先天性的巨细胞病毒，会对人体的多种脏器以及全身各个系统造成损害，常见的症状有生长发育慢、发热、耳聋、肝脾肿大、智力低下、烦躁不安、抽搐、痉挛、皮肤瘀点、紫癜、呼吸困难、黄疸、脑钙化等多系统病变。

病情严重患儿可在数周内发生死亡，成人主要表现的症状是身体乏力以及发热，发热14天后，血液中可查到淋巴细胞增多，并且伴有淋巴结炎以及脾大等情况。另外输血、肾脏移植术后以及艾滋病的患者，都有可能会导致巨细胞病毒感染。