变异新冠病毒核酸检测阴性的原因，目前还没有完全确定，根据现有资料，医学专家分析，可能存在三方面因素。首先，变异新冠病毒感染患者在取样时可能存在偏差，如患者感染以肺部感染为主，病毒快速侵袭肺部，在咽喉部停留的病毒数量较少，取样时容易出现阴性结果。

其次，有可能是当地核酸检测试剂或仪器出现问题导致假阴性。

第三，有可能是新冠病毒变异后，特异性基因序列产生改变，现有的核酸检测试剂不能识别。