引起后脑勺隐隐作痛的病因有很多，分为生理性的因素和病理性的因素。

生理性的因素，例如熬夜、休息不好、精神紧张等因素，也会造成上述症状，一般在去除诱因后，通过充分休息症状可缓解或消失。

病理性的因素有高血压病、枕神经痛、脑血管意外、颈椎病等。这要结合后脑勺隐隐作痛时伴随的症状，比如患者如果伴有咳嗽、咳痰、发热等症状，后脑勺隐隐作痛就与感染有关系。但是如果患者经常后脑勺隐隐作痛，而且症状持续加重，要考虑由脑部占位性因素引起。