阴道囊肿多半是先天的，是中肾管残留囊肿。女性中肾管萎缩，只留下副中肾管发育成女性各个器官，包括子宫、宫颈、阴道等等。

有时中肾管会有少许残留组织，形成囊肿，囊肿可以发生在输卵管系膜、阴道壁、甚至外阴，如果发生在阴道壁，称为阴道囊肿；阴道囊肿没有症状，也不用处理。有时产时阴道囊肿会阻碍产道，阻碍胎儿娩出，可以产时穿刺，排液后一般就可以顺产。当然如果阴道囊肿妨碍性生活，也可以做囊肿切除术。