一般情况下，细菌性肝脓肿通过积极的治疗，不会留下后遗症。治疗不够彻底或抵抗力比较弱的，也可能导致肝脓肿的后遗症。

有可能导致脓肿部位的包裹，或形成它的变性，如囊肿等。甚至有恶变的可能性，这种几率不是太大。也可能影响到肝脏的功能会出现肝纤维化，以及出现其他的并发症治疗不够及时，出现异常的可能性。

细菌性肝脓肿通过治疗以后，遗留的后遗症不是太多。只需要积极的治疗，引流出里面的坏死组织，以及抗感染就可以的。