肚脐眼里面疼的原因如下：

1.肚脐眼感染。例如肚脐眼发生蜂窝织炎的时候，会出现肚脐眼里面疼痛的症状，这时应针对病因进行积极的抗感染治疗。

2.当出现急性胃肠炎的时候，也会表现为肚脐眼里面疼痛。本病主要和不洁饮食有关，发病的时候会伴有恶心、呕吐、腹泻等症状，可通过给予诺氟沙星、左氧氟沙星等抗感染治疗，给予蒙脱石散止泻治疗。

3.过敏性紫癜。本病发病的时候也会出现肚脐眼里面疼痛的症状，同时会伴有皮肤瘀点、瘀斑等症状，出现以上情况应及时地到医院就诊。