导致小孩指甲盖分层的原因比较多，常见的有以下几种因素：

1.首先可能是孩子存在营养不良而导致的指甲盖营养物质缺乏，从而引起分层的现象。孩子长期偏食和挑食会导致身体内的钙、锌、铁、硫等微量元素的缺乏。

2.此外就是出现手足口病之后，孩子身体处于恢复期间，也会导致指甲出现分层的一个现象。

3.还有就是小孩的指甲受到真菌的感染，比如常见的灰指甲，也会导致指甲盖分层和脱落。

所以一旦孩子的指甲盖出现分层，需要及时到医院进行体格的检查以及其他一些辅助检查，来明确指甲盖分层的病因，对症治疗。在日常生活中要注意给孩子补充足够的营养物质，适当调整饮食，避免孩子出现挑食、偏食等坏习惯。