肛周脓肿初期指脓肿尚未形成阶段，选用抗菌药物，临床上常用青霉素类、头孢菌素类、抗厌氧菌类抗生素口服或静滴，以控制炎症扩散。手术治疗适用于脓肿形成后，因肛门直肠周围脓肿，起病急骤，发展迅速形成脓肿，所以手术治疗是本病的主要治疗方法。

由于本病所在部位解剖学上的原因，为防止病情进一步恶化，对于急性肛门直肠周围脓肿均应行急症手术治疗。脓肿发生部位不同，所采取的手术方法也不相同。但各种类型肛门直肠周围脓肿手术的治疗原则，是争取一次行根治手术，不留后遗症。