导致子宫内膜异位症的病因目前仍然不十分清楚，目前对于引起子宫内膜异位症的病因有几种学说，最常见的是子宫内膜种植学说。

种植学说认为异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，并且种植和生长，常见的传播途径有经血逆流、医源性种植、淋巴传播以及血管播散等。

另外一种学说是体腔上皮化生学说，这个学说认为异位内膜细胞来源于盆腔腹膜的体腔上皮化生，也就是高度化生潜能的体腔上皮受到卵巢激素、月经血以及慢性炎症的刺激之后被激活而转化为内膜组织。但是这种学说也并没有得到完全的支持。

再有就是诱导学说，诱导学说认为种植的内膜释放某种类脂物质，诱导未分化的腹膜细胞，形成子宫内膜异位组织。这种学说认为子宫内膜发生异位以后能否形成内膜异位症，还有可能与遗传因素、免疫因素、炎症因素等有关。