一般轻症的新冠肺炎，不会出现一些并发症。而重症患者会因为呼吸困难和缺氧，出现下述并发症：

循环系统疾病，例如心肌损害等。肾脏和肝脏组织缺氧引起的肾功能损害、肝功能损害，甚至是肾衰和肝衰。如果合并细菌感染，还有可能出现脓毒血症等。如果治疗时，使用糖皮质激素的冲击疗法，还有可能出现股骨头坏死。

上述并发症，部分重症新冠肺炎治愈后会完全消失，也有部分器官组织可能会留下永久性的不可逆损伤。除此之外，新冠肺炎重症患者痊愈后，肺组织很可能会残留纤维化的病变。