导致自然流产，最常见的原因就是胚胎染色体的异常，已经有大量的临床试验和报导证实，自然流产跟胎儿、胚胎、孕囊的发育过程中，染色体发生异常有很大的相关性。

如果母亲卵子染色体异常，父亲精子染色体异常也会导致胎儿染色体异常，发生自然流产。同样如果母亲具有一些感染性疾病，比如病毒感染、弓形虫感染、支原体和衣原体的一种长期感染，也会导致孕囊的生长发育异常，发生自然流产。

如果母体具有一些先天性生殖系统的疾病，比如纵隔子宫、双角子宫，孕囊在生长过程中没有足够的空间来成长，就会发生自然流产。孕早期卵巢功能不好，分泌的孕激素不足也可以导致自然流产。