颅骨结核的并发症多数是因结核杆菌引起。

颅骨结核是要一种特异性炎症反应，由结核杆菌侵入颅骨之后引起，此病大多数是在肺结核的基础上发病。它的并发症也多和结核杆菌有关，会引起骨关节结核、淋巴结核、腋下结核以及颈部结核等。此外，还有会慢性咳嗽、关节疼痛、淋巴肿大等慢性并发症疾病。

除了和结核杆菌有关之外，还有一些其他的并发症，比如脑膜炎、脑积水、颅内结核瘤以及癫痫等。颅骨结核一旦发生并发症，说明病情加重，需要全身使用抗结核手段治疗，还需要根据不同的并发症对症治疗。